研究生会是在校党委的领导下，研究生院分党委和校团委指导下的南京中医药大学研究生的群众组织，代表和维护广大研究生的正当权益。研究生会的主席团是究生会的领导机构。本届研究生会主席团由一名主席、两名副主席、和一名秘书长构成。主席负责全面工作，副主席和执行秘书长各分管若干具体部门。研究生会主席团由研究生代表大会选举产生，研究生代表大会休会期间由党委委托团委在研究生院的支持下兼顾各方面因素选举产生。主席团成员的任命由党委发文。主席团定期召开例会，安排各部门负责人人选，协商研究生会近期有关活动。